Elever i alla årskurser har svarat på enkäten men en särskild analys har gjorts av svaren från 80.000 niondeklassare, rapporterar Sveriges Radios Ekot.
– Vi har ju målet att alla ska känna sig trygga. Då är den här andelen som har svarat negativt fortfarande någonting att jobba med, säger Skolinspektionens generaldirektör Helén Ängmo till SR.
Många av eleverna tycker att studieron är dålig, och 60 procent klagar på att andra elever stör. Många säger också att de inte får vara med och utforma skolans ordningsregler.
Flickor är mer missnöjda än pojkar i nästan alla enkätfrågor.
Drygt 80.000 av totalt 100.000 niondeklassare har svarat på enkäten.